生物的分类系统是一个非常复杂的问题，在这个问题上，古今中外存在着很大的差异，有一些还存在着激烈的争议。在现代生物分类系统上，本站采用了我国著名生物学家陈世骧先生的六界分类系统，而在化石分类方面，由于资料来源原因，本站采用的是五界分类系统，即将其分为原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和动物界。
按国际上一般的分类标准，界下依次分门、纲、目、科、属、种等。科学家为研究的方便，在以上这些基本划分之中还加入了一些辅助单位，本站约定，按现代生物学这些分类单位称“总”的(如总科、总目)在古生物学中称“超”，如超门、超纲、超目、超科等，另外还有“亚”的分类单位则古今相同。
又因从化石来看我们不能判断是否存在生殖隔离，因此分类着重以下特征：
1.共同的形态特征；
2.构成一定的居群；
3.居群有一定地理范围的分布。
在没有更进一步的细节可供说明或解释，根据以上三种特征判明的化石种，可视为古生物的自然分类单元，并具有相对可靠的客观性。
在分类中还有一种被称为“形态种”的，它和自然单元存在着区别，具体地说就是某些化石种仅根据生物体的某些部分的形态来确定，或经详细研究发现在同一种名下记述了分属于不同分类单位的部分生物体，或同一分类单位具有几种形态但被分别给予了独立的种名。补充说明一下，在“属”中也有相似的情况。
化石分类与现代生物学分类不同的地方还有，在现代生物学分类中，最低的分类单位仅为地理亚种，而化石分类（或古生物学分类）中还有年代亚种，这是指同一种内，在不同时代分布上其形态特征不同的种，在此基础上由年代亚种进一步发展可产生年代种。